Desde o golpe, as universidades se tornaram um dos poucos espaços de pensamento crítico. Isso gerou uma ofensiva conjunta da CGU (Controladoria Geral da União), Polícia Federal e Ministério Público contra a autonomia universitária.
No início, tentativas de proibição de atos políticos internos. Depois, a identificação de pequenas irregularidades administrativas para justificar ações bombásticas de invasões de campus e prisão de dirigentes e professores, especialmente graves nos episódios da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) e da Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG).